מרכז שפירא הוא ישוב עירוני דתי לאומי באזור דרום השפלה, בקרבת העיר קריית מלאכי ובאר טוביה ושייך למועצה אזורית שפיר.
בתחילת שנות ה-50 של המאה ה-20 הוקמה במקום חווה חקלאית בשם דגנים[1]. החווה, שהוקמה על ידי חיילים משוחררים מהצבא הבריטי והאמריקאי, הצליחה מאד בחקלאות והייתה הצלחה כלכלית גדולה. בתור שכזאת היא היוותה מקור פרנסה לעובדים ממושבי העולים סביבה. אולם, בשל לחץ המוסדות המיישבים למסד אותה כמושב או כקיבוץ, החליטו המתיישבים לנטוש את המקום[2].
בשנת 1958 חולקה החווה בין ארבעת יישובי המועצה האזורית שפיר, כאשר חלק ממנה יוחד בידי ראש המועצה משה מושקוביץ כמרכז חינוך אזורי בשם מרכז אזורי שפיר, בו גרו כל מורי ביה"ס היסודי, חטיבת הביניים, התיכון, הישיבה התיכונית וביה"ס הטכנולוגי. עשר המשפחות הראשונות עברו למקום בראשית שנות ה-60.
שם המקום שונה ל'מרכז שפירא בעקבות פרשת הרימון בכנסת, בה נפצע השר משה שפירא באורח קשה[3]. רק בשנת 1970, לאחר ויכוחים ארוכים בוועדת השמות הממשלתית, שונה שם היישוב באופן רשמי לשמו הנוכחי.
בשנת 1995 הוקמה שכונה חדשה, "אחוזת אתרוג", בצמוד לאזור הוותיק. את השכונה תכנן האדריכל גדעון פובזנר. הרחובות בשכונה מסודרים לפי סדר שבעת המינים: חיטה, שעורה, גפן, תאנה, רימון, זית, תמר.
בשטח היישוב (בחלק הישן) נמצאת ישיבת אור עציון בראשותו של הרב חיים דרוקמן המאגדת בתוכה את "הפנימיה הצבאית הדתית אור עציון", ישיבת הסדר, המכינה הקדם-צבאית "אור מאופיר", ישיבה תיכונית וישיבה גבוהה. הרב דרוקמן מכהן גם כרב היישוב.